# io.github.rarasAI/raras

> Disease Twin — Brazil's rare-disease knowledge graph (10,468) over MCP. Source-grounded, PT-BR.

- name: io.github.rarasAI/raras
- version: 0.2.0
- connection class: R0 (autonomous)
- trust: 90/100
- quality: 82/100 (good)
- owner: not claimed
- descriptor: https://api.protogrid.dev/v1/servers/io.github.rarasAI%2Fraras
- tools: https://api.protogrid.dev/v1/servers/io.github.rarasAI%2Fraras/tools

**An agent can connect right now, no human step.** Remote endpoint, no authentication, reachable on the last probe.

## Connection (mcpServers)

```json
{
  "mcpServers": {
    "raras": {
      "type": "http",
      "url": "https://raras.org/api/mcp"
    }
  }
}
```


## Trust

- hygiene: 100
- liveness: 100
- freshness: 65
- provenance: 90
- drivers: +repository +namespace-matches-repo +website +reachable +uptime-100% ~updated-152d-ago
- Derived from observable signals (official registry feed and our own credential-free probes); no code audit performed.

## Quality 82/100 (good)

### protocol: 75 (weight 25)

- warn `protocol.modern`: newest supported version is 2025-11-25; 2026-07-28 not supported, older versions are deprecated until 2027-07-28
- n/a `protocol.stateless`: only applies to 2026-07-28 servers
- pass `protocol.transport`: streamable HTTP
- n/a `protocol.list_ttl`: only applies to 2026-07-28 servers

### authorization: n/a (weight 15)

- n/a `auth.prm`, `auth.as_metadata`, `auth.cimd`: no remote uses OAuth
- n/a `auth.secret_in_url`: no templated URL

### tool hygiene: 79 (weight 30)

- pass `tools.descriptions`: every tool has a description
- pass `tools.description_length`: descriptions are concise
- pass `tools.schemas`: every tool has an object input schema
- warn `tools.annotations`: only 10 of 20 tools declare readOnlyHint or destructiveHint
- fail `tools.directory_hints`: no tool declares all four of readOnlyHint, destructiveHint, idempotentHint and openWorldHint; missing: get_disease_detail (readOnlyHint, destructiveHint, idempotentHint, openWorldHint); find_diseases_by_phenotypes (readOnlyHint, destructiveHint, idempotentHint, openWorldHint); search_phenotypes (destructiveHint, idempotentHint); …
- pass `tools.token_cost`: about 1,953 tokens to load every tool
- pass `tools.api_dump`: tools are not a one-to-one API dump

### stability: 100 (weight 15)

- pass `stability.changes`: no tool changes in 30 days
- pass `stability.rug_pull`: no tool changed its meaning under the same name

### dependencies: n/a (weight 15)

- n/a `deps.known_vulns`, `deps.mcp_sdk_version`, `deps.resolvable`: no npm or PyPI package

- tools: 20, about 1,953 tokens to load them all
- tool set hash: 9af2e7b92dac163f396d205761a1f70b
- badge: [![protogrid quality](https://protogrid.dev/badge/io.github.rarasAI/raras.svg)](https://protogrid.dev/servers/io.github.rarasAI/raras)
- Checks run on what our credential-free, read-only probes observe; tools are never called and no code audit is performed.

### Tool changes

_No tool definition changes recorded._

## Remotes

- https://raras.org/api/mcp (streamable-http, auth none, reachable true, uptime30d 1)

## Packages

_none_

## Tools (20)

- `analyze_clinical_case`: Caso clínico → doenças candidatas + literatura relevante em 1 chamada. Apenas informativo, nunca diagnóstico.
- `explain_relation`: Raciocínio fundamentado sobre o grafo: dada uma pergunta (ex.: "por que o gene X se associa à doença Y?", "como a droga Z se relaciona a esta doença?"), retorna caminhos de evidência multi-hop (doença↔gene↔via↔droga↔fenótipo) com proveniência citável. Se não houver caminho no grafo, recusa — nunca inventa.
- `find_active_trials`: Trials ativos com filtro Brazil.
- `find_diseases_by_phenotypes`: Match por IDs HPO. Use para diagnóstico diferencial.
- `find_papers_for_disease`: Literatura relacionada a uma doença via embeddings (:SEMANTIC_MATCH, fallback vetorial).
- `find_phenotypically_similar`: Doenças com perfil de fenótipos HPO semelhante (simGIC pré-computado, explicável: nº de fenótipos em comum). Complementa find_similar_diseases (semântico).
- `find_reference_centers`: Centros por doença e/ou UF, com CNES.
- `find_similar_diseases`: Vector similarity via embeddings SOTA.
- `get_disease_detail`: Fenótipos HPO, genes, SUS, trials, descrição clínica em PT.
- `get_evidence`: Cross-references de autoridade (Orphanet, MONDO, OMIM, MeSH, GARD, UMLS), status de verificação e PMIDs de uma doença. A base da regra "nunca inventar".
- `get_graph_stats`: Contagens e métricas do dataset.
- `get_hypotheses`: Candidatos a reposicionamento de fármacos gerados por associação de genes (guilt-by-association): drogas que tratam outras doenças que compartilham genes com esta. HIPÓTESES para investigação, NUNCA recomendações clínicas — cada uma rastreável (via gene X, da doença Y).
- `get_literature_relations`: Relações tipadas extraídas da literatura biomédica (associate/treat/cause/inhibit/stimulate/prevent) entre a doença e genes/fármacos, com nº de publicações como proveniência. Filtrável por predicado.
- `get_recent_updates`: Doenças cujo gêmeo digital ganhou evidência nova (autoria, PubTator3, Open Targets, verificação) nos últimos N dias. Faça polling para acompanhar mudanças (substituto stateless de subscriptions).
- `get_research_log`: Registro cronológico do que o agente autônomo fez por esta doença: autoria, mineração de literatura, evidência genética, verificação, prospecção de fontes, recomputação de relações. Prova de que o gêmeo digital estuda a doença continuamente.
- `get_schema`: Node labels, relationship types e property keys do grafo. Use antes de cypher_query.
- `get_sus_coverage`: CEAF, SIGTAP, PNTN, nível de integração.
- `search_diseases`: Full-text search em 10.468 doenças raras. Suporta filtros SUS/trials.
- `search_papers_semantic`: Busca vetorial sobre 424k papers do PubMed. Use caso clínico, pergunta ou conjunto de sintomas.
- `search_phenotypes`: Lookup HPO em PT-BR (encoder Araras-HPO-Brasil + léxico leigo) ou EN (vocabulário HPO). Retorna IDs HP: com estado de asserção: termo NEGADO ("nunca desmaiei") NÃO vira fenótipo. Outros idiomas não são cobertos. Limite de taxa: use poucas chamadas por minuto (429 = espere).